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Claude での 10x Genomics Extension の使用

昨日アップデートされました

10x Genomicsインテグレーションは、シングルセルおよび空間解析を簡単な会話型ワークフローに変換します。生物学者は自分のシーケンシングデータを簡単に分析でき、コアラボは迅速にバッチ処理を実行できます。この記事では、Claudeで10x Genomicsインテグレーションをセットアップして使用し、分析ワークフローを向上させる方法について説明します。

10x Genomicsインテグレーションは、Claude Desktop Appのデスクトップ拡張機能として利用可能です(ここからダウンロード)。また、Claudeがデスクトップ拡張機能を通じてローカルコネクタを使用する機能に依存しています。

このインテグレーションが提供するもの

10x Genomicsインテグレーションにより、研究者はClaudeとの会話でシングルセルゲノミクス分析ワークフローを作成・管理できます。ユーザーはデータをアップロードし、Cell Rangerパイプラインを構成・起動し、分析ステータスを監視し、コマンドラインツールやウェブインターフェースの代わりに自然言語プロンプトを使用して結果をダウンロードできます。このインテグレーションは、会話型リクエストを10x Cloud Analysis プラットフォーム上のアクションに変換し、遺伝子発現、セルマルチプレキシング、およびCRISPRスクリーニング分析のワークフローを効率化します。

10x Genomicsインテグレーションを使用すべき人

  • 計算生物学者:シングルセルゲノミクスデータを分析し、クラウドベースの分析ワークフローを効率化したい研究者

  • バイオインフォマティシャン:複数のサンプルを処理し、効率的なバッチ処理機能が必要な科学者

  • 研究科学者:シングルセルデータを生成し、標準パイプラインを実行するための直感的なインターフェースが必要なラボ研究者

  • コアファシリティマネージャー:複数の研究グループのサンプルを処理し、多数の分析を管理する必要があるスタッフ

10x Genomicsインテグレーションにアクセスできる人

10x Cloud Analysisアカウントを持つすべてのユーザー(ここで無料アカウントを作成

インテグレーションへのアクセスに関する詳細は、10x Genomics MCP Server ドキュメントに記載されています。

10x Genomicsインテグレーションのセットアップ

10x Genomicsインテグレーションは、Claude Desktop Appのデスクトップ拡張機能として利用可能です(ここからダウンロード)。Organization Owner(TeamおよびEnterprise)の場合、インテグレーションのセットアップには、拡張機能を組織で利用可能にすることが含まれます。個別ユーザーの場合、セットアップには Claude Desktop App内から拡張機能をインストールすることが含まれます。

Organization Owner(TeamおよびEnterprise)の場合

  1. Admin settings > Extensionsに移動

  2. 検索フィールドに「10x Genomics」と入力

  3. 「Enable」をクリック

  4. チームにClaude Desktop Appをダウンロードしてインテグレーションにアクセスするよう指示

個別Claudeユーザーの場合

  1. Claude Desktop Appをダウンロード

  2. Settings > Extensionsに移動

  3. 「Browse extensions」をクリック

  4. 「10x Genomics」をクリック

  5. 「Install」をクリック

  6. 指示に従って、10x Cloud Analysisアカウントで認証

10x Genomicsインテグレーションの技術詳細は、10x Genomics MCP Server ドキュメントに記載されています。

Claude Codeユーザーの場合

  1. コマンド:/plugin marketplace add anthropics/life-sciences

  2. コマンド:/plugin install 10x-genomics@life-sciences

  3. Claude Codeを再起動

  4. コマンド:/plugin

  5. 「Manage and uninstall plugins」に移動し、アクセストークンで10x Genomics MCPを構成

  6. Claude Codeをもう一度再起動

  7. /mcpでサーバーが接続されていることを確認

一般的なユースケース

  • Cell Ranger count分析をセットアップ

  • マルチプレキシングを使用したCell Ranger multi分析をセットアップ

  • 複数のサンプルをバッチ処理

  • 分析結果を監視してダウンロード

  • QCメトリクスと結果を解釈

サンプルプロンプトとプロンプティングのベストプラクティスは、

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