10x Genomicsインテグレーションは、シングルセルおよび空間解析を簡単な会話型ワークフローに変換します。生物学者は自分のシーケンシングデータを簡単に分析でき、コアラボは迅速にバッチ処理を実行できます。この記事では、Claudeで10x Genomicsインテグレーションをセットアップして使用し、分析ワークフローを向上させる方法について説明します。
10x Genomicsインテグレーションは、Claude Desktop Appのデスクトップ拡張機能として利用可能です(こちらからダウンロード)。また、Claudeがデスクトップ拡張機能を通じてローカルコネクタを使用する機能に依存しています。
このインテグレーションが提供するもの
10x Genomicsインテグレーションにより、研究者はClaudeとの会話でシングルセルゲノミクス分析ワークフローを作成および管理できます。ユーザーはデータをアップロードし、Cell Rangerパイプラインを構成および起動し、分析ステータスを監視し、コマンドラインツールやウェブインターフェースの代わりに自然言語プロンプトを使用して結果をダウンロードできます。このインテグレーションは、会話型リクエストを10x Cloud Analysisプラットフォーム上のアクションに変換し、遺伝子発現、セルマルチプレキシング、およびCRISPRスクリーニング分析のワークフローを効率化します。
10x Genomicsインテグレーションを使用すべき人
計算生物学者:シングルセルゲノミクスデータを分析し、クラウドベースの分析ワークフローを効率化したい研究者
バイオインフォマティシャン:複数のサンプルを処理し、効率的なバッチ処理機能が必要な科学者
研究科学者:シングルセルデータを生成し、標準パイプラインを実行するための直感的なインターフェースが必要なラボ研究者
コア施設マネージャー:複数の研究グループのサンプルを処理し、多数の分析を管理する必要があるスタッフ
10x Genomicsインテグレーションにアクセスできる人
10x Cloud Analysisアカウントを持つすべてのユーザー(こちらで無料アカウントを作成)
インテグレーションへのアクセスに関する詳細は、10x Genomics MCP Server Documentationに記載されています。
10x Genomicsインテグレーションのセットアップ
10x Genomicsインテグレーションは、Claude Desktop Appのデスクトップ拡張機能として利用可能です(こちらからダウンロード)。Organization Owner(TeamおよびEnterprise)の場合、インテグレーションのセットアップには、拡張機能を組織で利用可能にすることが含まれます。個別ユーザーの場合、セットアップにはClaude Desktop App内から拡張機能をインストールすることが含まれます。
Organization Owner(TeamおよびEnterprise)の場合
Admin settings > Extensionsに移動します
検索フィールドに「10x Genomics」と入力します
「Enable」をクリックします
チームにClaude Desktop Appをダウンロードしてインテグレーションにアクセスするよう指示します
個別Claudeユーザーの場合
Claude Desktop Appをダウンロードします
Settings > Extensionsに移動します
「Browse extensions」をクリックします
「10x Genomics」をクリックします
「Install」をクリックします
指示に従って、10x Cloud Analysisアカウントで認証します
ディレクトリからデスクトップ拡張機能をインストールする方法について詳しく学びます。
10x Genomicsインテグレーションの技術詳細は、10x Genomics MCP Server Documentationに記載されています。
Claude Codeユーザーの場合
コマンド:
/plugin marketplace add anthropics/life-sciencesコマンド:
/plugin install 10x-genomics@life-sciencesClaude Codeを再起動します
コマンド:
/plugin「Manage and uninstall plugins」に移動し、アクセストークンで10x Genomics MCPを構成します
Claude Codeをもう一度再起動します
/mcpでサーバーが接続されていることを確認します
一般的なユースケース
Cell Ranger count分析をセットアップする
マルチプレキシングを使用したCell Ranger multi分析をセットアップする
複数のサンプルをバッチ処理する
分析結果を監視およびダウンロードする
QCメトリクスと結果を解釈する
サンプルプロンプトとプロンプティングのベストプラクティスは、
